Obecnie w kolekcji Muzeum Inkluzji w Bursztynie znajduje sie prawie 14 tysięcy inkluzji zachowanych w ponad 5 tysiącach bryłek. Jest to kolekcja przyrodnicza, ukierunkowana na inkluzje zwierzęce zachowane w bursztynie bałtyckim. Inkluzji roślinnych, które można dokładniej oznaczyć jest zaledwie 95. Uzupełnieniem zbiorów się formy naturalne i odmiany barwne bursztynu bałtyckiego oraz inne żywice kopalne. Liczba bryłek w kolekcji najszybciej wzrosła w pierwszych pięciu latach istnienia muzeum, do 2003 roku zgromadzono ponad 80% obecnego stanu.Uniwersytecka kolekcja powstała dzięki darom od osób prywatnych, głównie od bursztynników i prywatnych kolekcjonerów zarówno z Polski jak i zagranicy. Inwentaryzowane bryłki otrzymują podwójne numery - pierwszy numer inwentarzowy i drugi numer w katalogu kolekcji, gdzie pierwsze litery pochodzą od inicjałów darczyńcy. Pełną listę inkluzji można otrzymać w formacie MS Word lub Excel pisząc na adres Muzeum. Numery inwentarzowe nadawane są pojedynczym bryłkom tylko, gdy zawierają one inkluzje zwierzęce. W przypadku naturalnych form, odmian i rodzajów bursztynu numer nadawany jest całej partii, w związku z czym liczba podarowanych bryłek jest niekiedy znacznie wyższa.